De gemeente van Arnemuiden is ontstaan rond de Tweede Wereldoorlog. Aanvankelijk gingen verschillende mensen naar de Middelburgse Gereformeerde Gemeente, totdat er in 1942 bijeenkomsten werden gehouden in Arnemuiden. Op 18 september 1948 werd de gemeente een zelfstandige gemeente. In 1952 werd een eigen kerkgebouw in gebruik genomen door ds. L. Rijksen uit Middelburg. In het jaar 1953 vond de watersnoodramp plaats. Het kerkgebouw kwam toen onder water te staan, maar bleef wel overeind. In datzelfde jaar vond ook de scheuring plaats. Het grootste gedeelte van de kerkenraad en gemeente besloot om mee te gaan met de uitgetreden predikanten. In het jaar 1980 werd de kerk uitgebreid vanwege een groeiend aantal leden. Kandidaat W. Verhoeks nam in 1983 het beroep naar de gemeente van Arnemuiden aan. Hij diende de gemeente tot 1991. De vacante periode die toen aanbrak, duurde tot 2009, toen kandidaat M. Krijgsman het beroep van Arnemuiden aannam.De gemeente heeft vanaf de instituering altijd uit de psalmberijming van Datheen gezongen.