De gemeente van Middelburg is geïnstitueerd op 10 mei 1968. De wortels van deze gemeente zijn echter veel ouder en gaan zelfs terug tot de Afscheiding in 1834. Toen ontstond er een gemeente, die later de Gereformeerde Gemeente geworden is. In 1953 verlieten diverse leden deze gemeente. Zij gingen zelf diensten beleggen onder verantwoording van de kerkenraad van Arnemuiden. In 1968 werd de gemeente zelfstandig. Ds. J. Pannekoek leidde de dienst, waarin de gemeente geïnstitueerd werd. In 1978 werd een nieuw kerkgebouw in gebruik genomen: de Westerkerk. Tot op heden wordt dit gebouw gebruikt. In 1980 / 1981 voltrok zich een scheuring, zodat een groep leden een ‘buiten verbandgemeente’ vormde. Met ingang van 1 oktober 2009 zijn beide gemeenten weer samengevoegd; de meeste leden zijn weer teruggekeerd naar het kerkverband. De gemeente is nog nooit bediend door een eigen predikant. Er wordt gezongen uit de berijming van Datheen.